Parece que os Brasileiros estão bem mais adiantados neste assunto:
Leia-se
Título V - Inseminações e Transferências de Embriões
Artigo 45 - É permitida para fins de inscrição no "Stud Book" Brasileiro do Cavalo Puro Sangue Lusitano, o uso da inseminação artificial com sêmen fresco, resfriado ou congelado, como processo de reprodução, obedecendo as normas do Ministério da Agricultura e do Abastecimento, e regidas pelo disposto no Anexo II (regulamento especifico) deste Regulamento.
Artigo 46 - O uso do método de transferência de embriões, somente será aceito, para fins de inscrição no "Stud Book" Brasileiro do Cavalo Puro Sangue Lusitano em casos excepcionais, autorizado pelo Conselho Deliberativo Técnico da ABPSL.
Artigo 47 - A inscrição de produtos, por ano eqüestre, no "Stud Book" Brasileiro do Cavalo Puro Sangue Lusitano, fica limitado à 40 (quarenta) por garanhão, independente do processo de reprodução utilizada.
Artigo 48 - Todos os animais originados por inseminação artificial devem conter essa referência, nos seus Certificados de Registro Genealógico.
Artigo 49 - Os produtos de inseminação artificial terão obrigatoriamente de ter efetuada a sua verificação de parentesco
fonte:
http://www.associacaolusitano.org.br/regulamento.aspx
... e também comparar a organização desta página e do site da APSL.

(Parece que não é só a FEP que tem problemas)
interessante também é a possibilidade de inscrição de Cruzados de Lusitano...
Título II - Dos Cruzados
Artigo 31 - O Cavalo Cruzado de Sangue Lusitano é o produto resultante do cruzamento de reprodutor Puro de Origem com éguas-base ou cadastradas no Serviço de Registro Genealógico "Stud Book" Brasileiro da Raça Puro Sangue Lusitano - SBBPSL.
§ primeiro - O Cavalo Cruzado de acordo com as suas características morfológicas, zootécnicas e a composição racial, para efeito de registro no Serviço de Registro genealógico - "Stud Book" Brasileiro da Raça Puro Sangue Lusitano - SBBPSL será dividido nos seguintes graus de sangue:
1."1/2 Sangue Lusitano" - produto (macho ou fêmea) do cruzamento de reprodutor Lusitano Puro de Origem com égua-base ou cadastrada.
2."3/4 de Sangue Lusitano" - produto (macho ou fêmea) do cruzamento de reprodutor Lusitano Puro de Origem com égua "1/2 Sangue Lusitano".
3."7/8 de Sangue Lusitano" - produto (macho ou fêmea) do cruzamento de reprodutor Lusitano Puro de Origem com égua "3/4 de Sangue Lusitano".
4."15/16 de Sangue Lusitano" - produto (macho ou fêmea) do cruzamento de reprodutor Lusitano Puro de Origem com égua "7/8 de Sangue Lusitano".
5."31/32 de Sangue Lusitano" - produto (macho ou fêmea) do cruzamento de reprodutor Lusitano Puro de Origem com égua "15/16 de Sangue Lusitano" .
6."63/64 de Sangue Lusitano" - produto (macho ou fêmea) do cruzamento de reprodutor Lusitano Puro de Origem com égua "31/32 de Sangue Lusitano" .
7."Lusitano Puro por Cruza" - produto (macho ou fêmea) do cruzamento de reprodutor Lusitano Puro de Origem com égua "63/64 de Sangue Lusitano" ou ainda, o produto do cruzamento entre animais Lusitanos Puros por Cruza.
§ segundo - Entende-se como égua-base, para efeito deste regulamento, os animais sem genealogia conhecida e de característica morfológica, funcional e zootécnica.
§ terceiro - Entende-se como égua cadastrada, para efeito deste regulamento, os animais com genealogia conhecida mediante certificado de registro ou de controle de genealogia emitidos pelos Serviços de Registro Genealógico das respectivas raças reconhecidos pelo Ministério da Agricultura e do Abastecimento.
§ quarto - Somente poderão ser utilizados na formação do Puro por Cruza os reprodutores (machos e fêmeas) aprovados conforme as normas e tabela de pontuação inseridas nos respectivos Padrões Raciais.
§ quinto - Os animais considerados Puro por Cruza somente serão submetidos a aprovação de reprodutor desde que apresentem mérito de performance a ser julgado pelo Conselho Deliberativo Técnico - CDT
... aqui deixo á consideração.